Sinopsis Novel Totto-Chan

Karena sudah tidak tahan lagi, Ibu guru mengeluarkan Totto-Chan dari sekolah, karena ibu guru mengangap Totto-Chan gadis cilik yang nakal padahal sebenarnya Totto-chan hanya punya rasa ingin tahu yang besar. Itulah sebabnya ia selalu berdiri di depan jendela kelasnya saat pelajaran sedang berlanggsung.
Akhirnya setelah dikeluarkan dari sekolah yang lama, mama mendaftarkan Totto-Chan ke suatu sekolah yang bernama Tomoe Gakuen. Totto-Chan sangat senang berada di sekolah tersebut karena sekolah ini beda dari sekolah-sekolah biasa seperti; gerbong kereta yang dijadikan kelas. Totto-Chan dapat menikmati pemandangan diluar gerbong kereta tersebut, dan disekolah ini semua murid juga dibolehkan mengganti urutan meja sesuai yang mereka inginkan.
Di sekolah Tomoe Gakuen, murid-murid juga dapat mengubah urutan mata pelajaran sesuai yang mereka inginkan. Ada yang memulai dengan pelajaran fisika, menggambar, mengarang sesuai dengan kemauan mereka. Karena sekolah ini begitu berbeda dari sekolah yang lain, lama-kelamaan Totto-Chan dan murid-murid lainnya sangat senang dengan sekolah Tomoe Gakuen.
Setelah beberapa lama Totto-Chan dan teman-temannya bersekolah di Tomoe Gakuen, mereka semua sebenarnya tidak hanya belajar mengarang, berhitung,membaca dan lain-lainnya ternyata ia dan teman-temannya mendapat banyak pelajaran berharga tentang persahabatan, kerka keras, menghargai orang lain, dan kebebasan menjadi diri seseorang.